Suite des aventures de Ganta Nakami et Isaki Magari, deux adolescents insomniaques qui s'aventurent la nuit là où les lieux familiers prennent des allures mystiques. Ganta s'est remis de l'échec de la nuit des étoiles filantes. Il se concentre désormais sur le concours photo et part avec Isaki pendant quelques jours pour concrétiser leur projet. Ils sont accompagnés d'Haya, la soeur d'Isaki.